Впервые деревня Бескудниково, расположенная неподалеку от Дмитровской дороги и речки Лихоборки, упоминается в исторических документах (писцовых книгах) 1584-1586 годов. Первоначальное название - Безкунниково произошло от слова "куны", обозначавшее деньги или некоторые виды податей. В тот период крестьяне еще не были крепостными, и политика государства была направлена на то, чтобы заинтересовать свободных землепашцев осваивать пустующие земли, освобождая их на некоторое время от уплаты податей. По мнению видного ученого академика С.Б. Веселовского, деревня могла получить такое название именно потому, что ее первые жители имели такую привилегию.

После введения крепостного права в разные периоды владельцами деревни были князь Лев Волконский (XVII век), сестра Петра I царевна Наталья Алексеевна, которой это имение подарил ее подданный Петр Савин, чей отец Иван Савин был придворным царской семьи, вторая жена Петра I царица Екатерина Алексеевна (XVIII) век и др.

В судьбе Бескудникова, как и многих других прилегающих к столице деревень и сел, как в зеркале отразилась история государства, Москвы. Ливонская война, когда владельцем деревни стал один из выходцев из Прибалтики, Смутное время, в период которого многие жители вынуждены были покинуть обжитые земли, отмена крепостного права и многие другие события влияли и на изменение этимологии названия деревни - от "Безкунниково" ("безкунный", т.е. "безденежный"), до "Бескудниково" ("бесскудный" - в значении "зажиточный"). Исторически так сложилось, что, в отличие от многих других населенных пунктов, которые по разным причинам не сохранились, деревня Бескудниково постоянно упоминалось в документах разных эпох. Это подтверждает, что новые поколения бескудниковских крестьян продолжали трудиться на этих землях.

В конце XIX века, когда в России и в Москве началось бурное развитие промышленности, в том числе - строительства, суглинистая земля Бескудникова, на которой всегда трудно было получать высокие урожаи, стала востребована. В 1874 году на территории, где сейчас находится прилегающая к Дмитровскому шоссе площадь Туманяна, был построен кирпичный завод, основанный московским купцом А.Т. Денисовым. Образованное в ту пору бескудниковское крестьянское общество стало получать за использование земель немалую арендную плату.

Еще большую известность Бескудниково приобрело в начале прошлого века: в 1900 году при строительстве Савеловской железной дороги в двух верстах от деревни была построена перевалочная станция - для перевода грузов на Ярославскую железную дорогу. В настоящее время станция Бескудниково, расположенная ныне на территории соседнего района Восточное Дегунино, является одной их крупнейших сортировочных станций не только Московского узла, но и железнодорожного транспорта России.

В начале 30-х годов был создан рабочий поселок Бескудниково, население которого в предвоенные годы составляло более 8 тысяч человек, а к концу 50-х годов - 16 тысяч человек.

В 1947 году, когда отмечалась знаменательная годовщина в истории столицы, в районе была построена улица 800-летия Москвы - ныне одна из главных магистралей районов Бескудниковского, Дмитровского, Восточного Дегунина. В те же годы был создан Всесоюзный институт "Спорт- туризм", на базе которого впоследствии было образовано расположенное в Бескудниковском районе предприятие ЗАО "ЭКСИ - спорт", выпускающее высокачественные спортивные товары.

В начале 60-х годов в Москве из-за отсутствия свободных площадей темпы строительства жилья уже не отвечали потребностям столицы. На прилегающих к Москве территориях началось массовое жилищное строительство с использованием индустриальных методов, что давало возможность переселить сотни тысяч москвичей из подвалов, коммуналок и других малоприспособленных для жилья мест в отдельные квартиры.

В 1964 году началось строительство микрорайона Дегунино-Бескудниково, рассчитанного на 125 тысяч жителей. В 1966 году была построена Дубнинская улица, через три года - Бескудниковский бульвар, в настоящее время - центральная улица района. В современных административных границах Бескудниковский район, как другие районы города, был образован после избрания мэра Москвы в 1991 году, когда произошла реорганизация структуры органов исполнительной власти и территория города была поделена на 10 административных округов, а те, в свою очередь - на муниципальные округа (теперь - районы).